Koolzuur, ook wel bekend als kooldioxide (CO2), speelt een essentiële rol in de groei van waterplanten. Wanneer er voldoende vrije CO2 beschikbaar is, kunnen waterplanten goed gedijen en organische stoffen onder invloed van licht omzetten, waarbij zuurstof vrijkomt. Dit proces staat bekend als assimilatie. Het CO2-gehalte in water varieert gedurende de dag als gevolg van dag- en nachtactiviteit. Onderwaterplanten absorberen CO2 en geven overdag zuurstof af, terwijl ze ‘s nachts zuurstof opnemen en CO2 afgeven, zij het in beperkte mate.

Micro-organismen zijn de belangrijkste producenten van CO2 en produceren zowel overdag als ‘s nachts. Dit betekent dat CO2 zich ‘s nachts kan opbouwen en in de namiddag aanzienlijk kan afnemen. Dit proces komt echter alleen voor in goed functionerende waterpartijen, waarbij er sprake is van groeiende onderwaterplanten en voldoende activiteit van micro-organismen. De pH-waarde kan dit proces controleren. Een goede werking van het vijvermilieu wordt gekenmerkt door een relatief lage pH-waarde (pH 7-8) in de vroege ochtend en een relatief hoge pH-waarde (pH 8-9) in de avond. In dit geval zullen de planten goed groeien en zal het water helder zijn. Als de pH-waarde echter zowel ‘s ochtends als ‘s avonds hoog is (pH 9 of hoger), duidt dit op stagnatie, waarbij onderwaterplanten niet groeien en de vijver vol algen is.

Na het groeiseizoen zal de pH-waarde dalen en de groei van waterplanten en algen stagneren. Ze nemen dan geen CO2 meer op, waardoor het CO2-gehalte in de vijver langzaam toeneemt. Als de GH-waarde (zie hoofdstuk GH) hoog genoeg is, kan het overtollige CO2 zich binden tot carbonaat, waardoor het water niet verzurt en de pH-waarde niet onder pH 7 komt. Als de GH-waarde echter te laag is, is er onvoldoende calcium aanwezig om het overtollige CO2 te binden. Dit leidt tot verzuring van het water en zuurstofgebrek. In dit geval zal de pH-waarde dalen tot waarden onder pH 6. Met behulp van een eenvoudige Aqua test set kan de pH-waarde nauwkeurig worden bepaald.